探索中に敵と遭遇すると戦闘になります。ここでは敵への対処のコツを紹介します。
格闘
行動の基本は敵に見つからないことです。壁や箱といった障害物を利用すれば、敵に気づかれずに進むことができます。また、敵を倒す際にも、なるべく気づかれないように戦うのがお勧めです。背後から接近し一人ずつ敵をステルス攻撃で倒したり、敵の仲間に見つからないよう、障害物の陰で格闘術で戦うようにしましょう。
連続攻撃／必殺コンボ
ボタンを連打すると連続で攻撃できます。
また、タイミングよく→→とボタンを押すと「必殺コンボ」となって、敵の反撃を封じながら大ダメージを与えることができます。（『エル・ドラドの秘宝』のみ）
つかまれたときの対処（『エル・ドラドの秘宝』には対応していません）
敵につかまれた場合、ボタンを連打すると拘束から逃れることができます。（『砂漠に眠るアトランティス』のみ）
ボタンを押すとつかまれた状態から相手に反撃することができます。
ステルス攻撃
敵に気づかれずに背後から接近してボタンで攻撃すると、一撃必殺のステルス攻撃を行えます。
また、敵の頭上にあたる位置でぶら下がっている場合、ボタンを押すと飛び降りながら一撃で倒すことができます。（『砂漠に眠るアトランティス』のみ）
カウンター攻撃
『砂漠に眠るアトランティス』では、敵からの攻撃に合わせてボタンを押すと、攻撃をかわして反撃する「カウンター攻撃」が出ます。カウンター攻撃は敵も使用してきます。その場合、タイミングよくボタンを押して反撃を封じてボタンで攻撃すると、大ダメージを与えることができます。ウェイトのある敵など、通常攻撃が通じにくい相手には、カウンター攻撃を狙ってダメージを与えていきましょう。
