STORY
幻の古代都市「砂漠のアトランティス」をめぐる冒険から３年後。
フランシス・ドレイクの子孫を自称する冒険家「ネイサン・ドレイク」（ネイト）は、共に冒険を歩んできた女性「エレナ」と結ばれ、幸せな生活を送っていた。結婚を機に危険なトレジャーハンター家業を引退していたネイトだったが、ある日、死別したと思われていた兄「サム」が突然来訪し、冒険への協力を依頼される。
サムが持ちかけたのは、17世紀に存在した海賊王「ヘンリー・エイブリー」の秘宝を探す冒険だった。苦悩の末、ネイトはエレナとの平和な生活を抜け出し、サムとの冒険に乗り出すことを決める。
世界中でエイブリーの秘宝に繋がる手がかりを探すうちに、やがて２人は海賊達の国「リバタリア」があるとされるマダガスカルの地へと導かれてゆく……。
